Do najczęściej występujących autoimmunizacyjnych schorzeń endokrynologicznych zaliczamy:
oraz autoimmunizacyjne choroby tarczycy:
Cukrzyca typu 1 (Type 1 diabetes, T1D) spowodowana jest zniszczeniem komórek β trzustki przez proces immunologiczny lub nieustalony (idiopatyczna), co zwykle prowadzi do bezwzględnego niedoboru insuliny.
Choroby autoimmunologiczne tarczycy (Autoimmune thyroid diseases, AITD) spowodowane są nieprawidłową odpowiedzią immunologiczną skierowaną przeciwko antygenom tarczycy. Pojęcie AITD obejmuje dwie jednostki chorobowe: chorobę Hashimoto oraz chorobę Gravesa-Basedowa, w przebiegu których obserwuje się nadmierną reaktywność limfocytów B i T oraz produkcję specyficznych autoprzeciwciał. W konsekwencji dochodzi do nadczynności lub niedoczynności tarczycy.